Sau 2 tháng điều tra, Viện Công tố Slovakia đã ra quyết định bắt đầu tiến hành truy tố hình sự về vụ án dùng chuyên cơ chính phủ Slovakia đưa Trịnh Xuân Thanh ra khỏi khu vực Schengen. Hai cảnh sát (hộ tống phái đoàn công an cấp cao do Bộ trưởng Tô Lâm dẫn đầu) đã khai với cơ quan điều tra Slovakia rằng họ đã nhìn thấy một người đàn ông Việt Nam, có lẽ là Trịnh Xuân Thanh, bị kéo lết lên chuyên cơ của chính phủ Slovakia. Bà Bộ trưởng Nội vụ Saková đã cho phép 44 nhân viên được miễn trách nhiệm bảo mật thông tin, để cung khai tất cả cho cơ quan điều tra. 44 nhân viên này thuộc các bộ, ngành và cảnh sát hộ tống cùng những người phục vụ cho chuyến đến thăm và làm việc của Bộ trưởng Tô Lâm với Bộ trưởng Nội vụ Robert Kaliňák hồi 26 tháng 07 năm 2017.[84]

Sau khi Toà phúc thẩm ở Đức bác đơn kháng cáo của Nguyễn Hải Long tội tham gia bắt cóc Trịnh Xuân Thanh, ngày 5/2/2020, Quốc vụ khanh Bộ Ngoại giao Cộng hòa Slovakia triệu tập Đại sứ Việt Nam tuyên bố đuổi một trong những nhân viên ngoại giao của Đại sứ quán trong vòng 48 giờ. Việc Bộ trưởng Công an Việt Nam, Tô Lâm, mượn một chuyên cơ của Slovakia để chở Trịnh Xuân Thanh ra khỏi vùng Schengen, bị cho là đã lạm dụng lòng hiếu khách của Slovakia.[85]